Trong thời gian quay phim điện ảnh Noah, khi được hỏi về đức tin của mình, cô đã trả lời rằng mình là người theo thuyết phổ độ.[49]

Emma từng hẹn hò với Will Adamowicz, người bạn cùng học tại Đại học Oxford năm 2011 trong năm đầu học tại đây.[50] Cả hai từng tới thăm dự lễ trao giải 2013 MTV Movie Awards và Emma nhận được giải Trailblazer Award.[51] Cặp đôi chia tay vào đầu năm 2014.[52] Cuối năm 2014, Emma bắt đầu hẹn hò với cầu thủ bóng chày là Matthew Janney.[53] Mối quan hệ đã chấm dứt trong tháng 11 cùng năm do lịch làm việc quá bận rộn của Emma.[54]

Emma Watson gặp gỡ William Mack Knight, một doanh nhân công nghệ từ cuối năm 2015, chỉ vài tháng sau khi chia tay Matthew Janney. Cặp đôi bị bắt gặp hẹn hò khi đến xem một buổi diễn tại sân khấu nhạc kịch Broadway vào tháng 10 năm 2015. Theo chia sẻ từ bà Katherine với tờ The Mirror, mẹ của William cho biết anh đã đưa bạn gái Emma về ra mắt bố mẹ và mối quan hệ tiến triển một cách nghiêm túc.[55]

Watson là một người độc thân, cô mô tả bản thân mình với cụm từ "tự hợp tác".[56][57] Marai Larasi, một nhà hoạt động về vấn đề bạo lực đối với phụ nữ, là khách mời của cô đến thăm dự Lễ trao giải Quả cầu vàng lần thứ 75 năm 2018.[58]